C#のプロジェクトディレクトリのサブディレクトリは自由に作成出来る。

プロジェクトディレクトリにソースファイルが複数保存されることになりますが、そのファイルをサブディレクトリで分類することができます。
基本的にエクスプローラーでサブディレクトリを作成し移動するだけで良いみたいです。

ただ、WPFのMainWindow.xamlはApp.xamlのStartupURIで相対パスが設定してあるので、そちらを変更する必要がありました。

MainWindow.xamlをViewというサブディレクトリへ移動する場合。

元

tartupUri="MainWindow.xaml"

変更後

tartupUri="View/MainWindow.xaml"

サブディレクトリでファイルが保存出来るということは同名のファイルを作ることができそうですが、混乱しそうなので同名ファイルは作らないほうが良さそうです。

ソースファイルの管理としてサブディレクトリを使いますが、プログラム的にソースコードを分類したい場合はnamespaceを使います。サブディレクトリと名称を一致させるかはお好みでといった感じです。

また、gitなどを使う場合ソースファイルの移動などはgitコマンドを使って行わないと整合性が取れなくなる可能性があります。gitコマンドは忘れがちなので、個人的にVScodeを使っているので、VSCode内のエクスプローラー内で移動するようにしています。